毛囊炎主要是由毛囊浅部细菌或者真菌感染所引起，具体的致病菌包括常见的金黄色葡萄球菌，少数还有表皮葡萄球菌、链球菌等感染。
此外，马拉色菌也可引起真菌性毛囊炎，具体发生毛囊炎的原因很多，一方面可能是外因，也就是局部因素，比如高温、多汗、皮肤搔抓、轻度的皮肤缺损、卫生习惯不良等。另一方面从内因来讲，如果长期吃辛辣、刺激的食物，还有酗酒都可能引起毛囊类皮脂分泌增多，细菌滋生，引发毛囊炎。如果患有慢性消耗性的疾病，包括肝肾疾病、贫血、糖尿病或者是器官移植术后长期服用抑制免疫力的免疫抑制剂、糖皮质激素，都可能诱发毛囊炎。
